ישנם מספר סוגים של מיקרוסקופים:
1. מיקרוסקופ אור (מיקרוסקופ אופטי): זהו הסוג הנפוץ ביותר של מיקרוסקופ המשתמש באור נראה להגדלת עצמים. יש לו דגמים שונים, כולל מיקרוסקופים מורכבים, מיקרוסקופים סטריאו ומיקרוסקופים דיגיטליים.
2. מיקרוסקופ אלקטרוני: מיקרוסקופים אלה משתמשים בקרן אלקטרונים במקום אור כדי ליצור תמונה מוגדלת. ישנם שני סוגים עיקריים: מיקרוסקופ אלקטרוני תמסורת (TEM) ומיקרוסקופ אלקטרוני סורק (SEM).
3. מיקרוסקופ פלואורסצנטי: סוג זה של מיקרוסקופ משתמש בקרינה כדי להמחיש חלקים ספציפיים של דגימה. הוא נמצא בשימוש נפוץ בביולוגיה ובמחקר רפואי.
4. מיקרוסקופ קונפוקאלי: מיקרוסקופ זה משתמש בסריקת לייזר כדי ליצור תמונות מפורטות ביותר. הוא נמצא בשימוש נפוץ במחקר ביולוגי והדמיה רפואית.
5. מיקרוסקופ ניגודיות פאזה: מיקרוסקופ זה משפר את הניגודיות של דגימות שקופות ולא מוכתמות, מה שהופך אותן לגלויות וקלות יותר למחקר.
6. מיקרוסקופ מקטב: מיקרוסקופ זה משמש לחקר התכונות האופטיות של גבישים וחומרים אחרים על ידי קיטוב אור.
7. מיקרוסקופ דיגיטלי: סוג זה של מיקרוסקופ לוכד תמונות דיגיטליות וסרטונים של הדגימה, מה שמאפשר שיתוף וניתוח קל יותר.
8. מיקרוסקופ בדיקה סורק: סוג זה של מיקרוסקופ יכול לבחון משטחים על ידי סריקת בדיקה על הדגימה. זה כולל מיקרוסקופים של כוח אטומי (AFM) ומיקרוסקופים סורקים למנהור (STM).
אלו הן רק כמה דוגמאות לסוגים השונים של מיקרוסקופים הזמינים. לכל סוג יישומים ויתרונות ספציפיים משלו, בהתאם לתחום הלימוד ולאופי המדגם הנצפה.