מיקרוסקופים נמצאים בשימוש נרחב בבתי ספר מכמה סיבות:
1. חווית למידה משופרת: מיקרוסקופים מאפשרים לתלמידים לצפות בחפצים ומבנים זעירים ממקור ראשון, ומספקים חווית למידה אינטואיטיבית. באמצעות מיקרוסקופים, התלמידים יכולים לראות מבנים מיקרוסקופיים כמו תאים, חיידקים ורקמות, ולהעמיק את הבנתם בנושאים מדעיים כמו ביולוגיה וכימיה. גישה מעשית זו ללמידה עוזרת לתלמידים להבין טוב יותר מושגים ותיאוריות מופשטות.
2. חקור את עולם הטבע: מיקרוסקופיה מאפשרת לתלמידים לחקור לעומק את התופעות הדקות והשינויים בטבע. הם יכולים להתבונן בפרטים של חרקים, במבנה התאי של צמחים, בפעילות המיקרואורגניזמים במים ועוד. באמצעות סוג זה של תצפית, התלמידים מפתחים סקרנות לגבי עולם הטבע ומעוררים תשוקה לחקר מדעי.
3.פיתוח מיומנויות תצפית וניסוי: שימוש במיקרוסקופ מחייב את התלמידים לפתח מיומנויות תצפית וניסוי. הם צריכים ללמוד להתאים את המיקוד של המיקרוסקופ, להשתמש בתנאי תאורה מתאימים, וללמוד להתבונן, לתעד ולפרש את התופעות שהם רואים. מיומנויות אלו חיוניות לפיתוח מחקר מדעי ושיטות ניסוי.
4.שיפור האוריינות המדעית: השימוש במיקרוסקופים יכול לשפר את האוריינות המדעית של התלמידים. הם עוזרים לתלמידים לפתח חשיבה ביקורתית, התבוננות, חשיבה ופתרון בעיות. באמצעות יישום מעשי של מיקרוסקופים, התלמידים יכולים להבין טוב יותר את החשיבות של שיטות מדעיות וחקר מדעי, ולטפח חשיבה מדעית ורוח מדעית.
5. תמיכה בהוראה רב-תחומית: למיקרוסקופים מגוון רחב של יישומים בדיסציפלינות שונות. בנוסף לביולוגיה וכימיה, ניתן להשתמש בהם גם ללימודי גיאוגרפיה, מדעי החומרים, רפואה ועוד. היישום הרב-תחומי של המיקרוסקופ הופך אותו לכלי רב תכליתי בחינוך בית ספרי.