מיקרוסקופים אופטיים משתמשים באור נראה כדי לצפות בדגימות. בשל גודלם הקטן מאוד של וירוסים, לרוב נדרש מיקרוסקופ בעל הגדלה גבוהה יותר כדי לצפות בהם. עם זאת, מכיוון שגודלם של וירוסים קרוב או אפילו קטן מאורך הגל של האור הנראה, הדבר מגביל את הרזולוציה של תצפית ישירה על וירוסים באמצעות מיקרוסקופיה אופטית. לכן, כדי לראות וירוסים בפירוט רב יותר, נדרש לעתים קרובות מיקרוסקופ אלקטרונים.
מיקרוסקופים אלקטרונים משתמשים בקרני אלקטרונים במקום בקרני אור ויכולים להשיג רזולוציה גבוהה יותר מאשר מיקרוסקופים אופטיים. מיקרוסקופיה אלקטרונית יכולה לספק רמות גבוהות יותר של הגדלה ורזולוציה של פרטים ויראליים, ומאפשרת למדענים לחקור את המבנה והמאפיינים של וירוסים בפירוט רב יותר.
כמות ההגדלה הנדרשת לצפייה בנגיף תלויה בגודל הנגיף וברמת הפירוט הנדרשת. מכיוון שווירוסים הם לרוב בטווח הננומטרי בגודלם, לרוב נדרשים מיקרוסקופים בעלי הגדלה גבוהה יותר כדי לצפות בהם.
מיקרוסקופי אור מספקים בדרך כלל הגדלות של פי 1000 עד פי 2000. הגדלה זו מספיקה כדי לצפות בכמה וירוסים גדולים יותר, כמו נגיפי DNA גדולים.
עם זאת, עבור וירוסים קטנים יותר או כאשר נדרשים פרטים ברזולוציה גבוהה יותר, נעשה שימוש במיקרוסקופ אלקטרונים. מיקרוסקופים אלקטרונים יכולים לספק הגדלה גבוהה יותר, לעתים קרובות להגיע לפי 100, 000 או יותר. הגדלה גבוהה זו יכולה לספק תצוגה מפורטת יותר של המבנה והמאפיינים של הנגיף.
חשוב לציין שהגדלה אינה הגורם היחיד המשפיע על התצפית על וירוסים. הרזולוציה היא גם גורם חשוב, הקובע את גודל הפרט הקטן ביותר שהמיקרוסקופ יכול לפתור. עבור וירוסים קטנים יותר, יש צורך במיקרוסקופ ברזולוציה גבוהה יותר כדי ללכוד פרטים עדינים יותר.